Die Havel entspringt im Nationalpark Müritz in der Mecklenburgischen Seenplatte im Landkreis Mecklenburg-Strelitz. Etwa 18 km vom nordöstlichen Ufer der Müritz entfernt, sickert sie aus dem Diekenbruch

Aus dem Quellsee fließt die Havel zuerst nach Süden. Der erste größere See, den ihr Quellbach durchfließt, ist der Käbelicksee. Danach durchquert sie in Richtung Süden diese Seen:

Zootzensee (zwischen Krienke und Babke), Jäthensee, Useriner See und Woblitzsee bei Wesenberg. Fortan fließt die Havel als Obere Havel-Wasserstraße, die durch viele Schleusen geregelt ist, durch diese Seen: Drewensee, Wagnitzsee, Großer Priepertsee, Ellbogensee, Ziernsee und Röblinsee. Zwischen den beiden zuletzt genannten Seen quert sie die Grenze nach Brandenburg.

Danach teilt sich die Havel bei bzw. in Fürstenberg in vier Flussläufe auf und durchfließt dort den kleinen Baalensee und den Schwedtsee. Etwas weiter östlich erreicht ihr Wasser den Stolpsee und mäandert danach - weiterhin kanalisiert - in Richtung Süden nach Zehdenick und als Vosskanal nach Liebenwalde. Dort verlässt sie die Mecklenburgische Seenplatte.